2022年7月4日，英國伯明翰大學(xué)Ferenc Müller研究組在國際一流學(xué)術(shù)期刊nature genetics上發(fā)表題為“Multiomic atlas with functional stratification and developmental dynamics of zebrafish cis-regulatory elements”的研究論文，繪制出了斑馬魚順式調(diào)節(jié)元件的功能分層和發(fā)育動力學(xué)多組學(xué)圖譜。

斑馬魚是研究胚胎發(fā)育和模擬人類疾病的常用生物體，到目前為止，它還缺乏類似于其他動物模型的系統(tǒng)功能注釋程序。為了解決這個問題，研究人員成立了國際DANIO-CODE聯(lián)盟，并創(chuàng)建了一個中央存儲庫來存儲和處理斑馬魚的發(fā)育功能基因組數(shù)據(jù)。這個數(shù)據(jù)協(xié)調(diào)中心（https://danio-code.zfin.org）抽取了1802個樣本，包含未發(fā)表的和重新分析過的已發(fā)表的基因組數(shù)據(jù)，每個樣本有數(shù)百萬個數(shù)據(jù)點，為轉(zhuǎn)基因育種和發(fā)育和疾病的遺傳研究提供了最廣泛的候選DNA區(qū)域。
 

研究人員在整個發(fā)育過程中確定了超過14萬個順式調(diào)控元件，包括具有取決于其在時間和空間上的活性的不同特征的類別。研究人員劃定了在子代基因組激活期間活躍的調(diào)控元件，和在器官發(fā)育期間活躍的調(diào)控元件之間的不同距離拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和染色質(zhì)特征。

該圖譜將幫助研究人員更好地研究各種類型的癌癥(如皮膚癌)、心臟病和神經(jīng)退化。它可能會幫助更多的研究人員在他們的研究中取代哺乳動物模型。此外，研究人員在斑馬魚和小鼠之間匹配了調(diào)控元件和表觀基因組景觀，并預(yù)測了它們之間超越序列相似性的功能關(guān)系，從而將斑馬魚發(fā)育基因組學(xué)的效用擴展到哺乳動物。